开发费用主要涵盖的是小程序从无到有搭建过程中的各项支出，比如前期的需求调研、设计（包括界面设计、交互设计等）、编程开发（前端和后端代码编写）、测试（确保功能正常、无漏洞等）等环节所涉及的人力成本、技术资源成本等。

而运营费用则涉及到后续推广小程序让更多用户知晓和使用所产生的花费，像线上线下的广告投放费用、营销活动策划及执行成本等。维护费用主要是针对小程序上线后可能出现的技术问题修复、功能更新升级、服务器租赁及运维等方面的支出。

不过，在一些特殊情况下，开发合同里可能会约定在一定期限内提供有限的基础维护服务包含在开发费用内，但这往往也是比较简单的、小范围的维护保障，像重大的功能拓展、长期全面的运营推广等相关费用一般还是要另行支付的。

所以一般来说，小程序开发后期的运营和维护费用是和开发费用分开另行核算的。