功能方面

- 模板通常是为了满足较为通用的需求而设计的，难以实现高度个性化、独特的业务逻辑和功能需求。比如，若企业有一套非常复杂且与行业紧密相关的特定业务流程，模板可能无法精准适配，需要进行大量的额外开发甚至可能无法通过模板实现。

- 对于一些创新性的功能想法，模板的既有架构和功能模块很难灵活调整来满足，可能会限制业务在小程序端的差异化竞争优势展现。

功能拓展受限：

- 随着业务发展，如果后续需要添加一些模板初始设计时未涵盖的重要功能模块，可能会面临技术难题。因为模板的代码结构相对固定，要在其基础上无缝集成新功能且保证整体稳定性，可能需要深入了解模板底层代码并进行复杂的修改，这对于非技术专业的运营人员来说几乎难以完成。

- 与第三方系统或服务的深度对接功能也可能不足。例如，要实现与企业内部的ERP系统、CRM系统进行数据实时交互同步等高级功能，模板小程序可能由于接口限制或架构原因无法很好地达成。

设计与体验方面

- 由于模板是被众多开发者使用的，所以最终呈现的小程序界面风格可能会和其他使用相同模板的小程序较为相似，难以突出品牌个性。这在视觉上可能无法给用户留下深刻且独特的印象，不利于品牌形象的塑造和传播。

- 模板的页面布局调整灵活性相对较差，可能无法完全按照品牌自身的视觉设计规范和用户体验最佳实践来进行自由编排，导致页面视觉效果和交互体验不够理想。

性能优化局限：

- 模板开发通常是基于通用场景进行性能考虑的，对于特定业务场景下可能出现的高并发访问（如电商小程序在大型促销活动时）、复杂数据加载（如包含大量高清图片、视频展示的内容型小程序）等情况，可能无法针对性地进行高效性能优化。

- 难以对小程序的加载速度、响应时间等关键性能指标进行深度定制化提升，可能会影响用户体验，尤其是那些对响应速度要求较高的用户，进而可能导致用户流失。

技术与维护方面

- 模板代码一般是经过封装的，对于开发者来说，理解和修改其中的代码可能存在一定困难，尤其是在出现问题需要排查故障或进行二次开发时。其代码的可读性和可扩展性相对自行开发的代码可能要差一些，这增加了后续技术维护的成本和难度。

- 如果模板提供方停止更新或出现兼容性问题（比如与微信、支付宝等平台的新规则、新版本不兼容），使用模板的小程序可能会面临无法及时修复和升级的风险，从而影响小程序的正常使用。

安全隐患：

- 一些低质量的模板可能存在安全漏洞，例如数据传输加密不足、容易遭受SQL注入攻击等。由于模板使用者可能无法全面审查和修复这些潜在安全问题，小程序的数据安全和用户隐私保护可能会受到威胁。

- 当平台（如微信小程序平台）发布安全更新要求时，模板小程序可能无法快速响应并落实相关安全措施，导致小程序存在被平台警告甚至下架的风险。

虽然模板开发小程序存在这些限制，但它也有成本低、开发速度快等优点，对于一些功能需求相对简单、预算有限且对定制化要求不高的项目来说，仍然是一种可行的选择。